Aquarius draait om het verhaal van de legendarische sekste leider Charles Manson. Het verhaalt speelt zich af in Los Angeles in 1967. Sam Hodiak, een ervaren rechercheur van de politie doet een onderzoek naar de sekte van Manson. Dit speelt nog voor de tijd dat Manson overal bekend zou worden vanwege de Tate-LaBianca moorden. Nu is hij nog een onbekende, maar charismatische leider met grote plannen, die druk bezig is om mensen te betrekken bij zijn sekte. Hodiak krijgt de hulp van een jonge agent die undercover gaat bij Manson en daaruit conclusies moet trekken in hoeverre deze sekte gevaarlijk is of niet.
